终极忍者公元2000年，距离女娲回归只有一年的人世间。况国华孙子香港警察况天佑（尹天照饰）邂逅驱魔龙族马氏第四十代传人马小玲（万绮雯饰），两人互生情愫。苦恋况天佑的小玲好友王珍珍（杨恭如饰）被电视台监制司徒奋仁（陈启泰饰）追求，陷于感情困局中。奋仁因有超能力而被误为救世主，其实是由日东集团前主席山本一夫的DNA复制。此时香港出现僵尸杀人事件，幕后黑手日东集团主席堂本静（吴廷烨饰）遇上早已从沉睡中醒来的将臣（任达华饰），终如愿变成僵尸。一场今生前世的爱恨情仇正在上演。