异种1电影物語は13歳の少年・正樹が殺された事件から始まる。死体は町の中心にある橋の下に無残に捨てられ、小さな町はたちまち不安と恐怖に包まれた。正樹の同級生である春・晃・朔・直哉は、犯人は正樹がよく遊びに行っていた怪しい老人・おんさんに違いないと家に押しかけ、揉み合いの末、1人がおんさんを殺してしまう。そして彼はおんさんの家に火を放ち、事件は幕を閉じた。22年の時が過ぎ、刑事になった晃は父の死をきっかけに帰郷。春・晃・朔は再会するが、同じ場所で少年の死体が発見され、それぞれが心の奥にしまっていた事件の扉が開き始める。