幻影忍者全集2013年，因为修学旅行而来到台湾的女高中生小椋汐，遭到了突然出现的怪兽“进化侵略体”的袭击。在军队完全没用的时候，谜之男子们出现在面前，他们是超国家机关“DOGOO”的代理人，继承了“伟人之魂”，并将这股力量用之战斗的“E遗传子持有者”。终于，在友人面临危机之际，小椋汐身上的“伟人之魂”也觉醒了...