假面超人v3宝石が謎の生物によって奪われるという事件が多発した。それは、炭素を主食とする宇宙生物・ドゴラの仕業であった。巨大なクラゲのようなドゴラには、地球上の如何なる兵器も通用しない。だが唯一、ドゴラに対抗できる手段が見つかった……。