只有神知道的世界ii本作の主人公は、人間の生態を調査するために土星からやってきた宇宙人。彼は地球の家族、真田家の次男・日出男として親代わりの長男・夢二、しっかり者の長女・想乃、頼りない三男・詩文と暮らしていた。家族になりすまして23年が経ち、地球を離れる日が近づく日出男は、最後の３日間で人間としてやり残したことに奮闘する。