种地吧少年第一季在江户深川的长屋里梦想成为医生的女孩子阿市拥有一种特别的力量，能够听到在遗憾中死去的人们的“声音”，看到他们的“身影”。性格开朗、积极向上的她边帮助身为父亲的城镇医生松庵，一边与调查员的头目仙五朗一起逼近人性的黑暗，解开不可思议的事件之谜。